Makoto Shishio  

, 志々雄真実

Após a morte de Yukishiro Tomoe, Himura Kenshin se tornou um espadachim empunhando livre para proteger os membros do Ishin Shishi. Shishio Makoto se tornou seu sucessor como o hitokiri das sombras (assassino) e foi responsável pelo assassinato de Izuka, o homem que traiu o shishi. O futuro governo Meiji era mais secreto sobre Shishio do que Kenshin; muitos membros dos clãs Chōshū e Satsuma (os membros do futuro governo Meiji) teriam muito pouca informação sobre ele. Mais tarde, o novo governo Meiji acreditava que seria do seu interesse eliminar Shishio antes que ele se tornasse poderoso demais, pois Shishio era um homem que desejava poder. Assim, durante a Guerra Boshin, Shishio ficou inconsciente por vários tiros, mergulhados em óleo e queimados vivos pelo novo governo formado pelo Ishin Shishi. Ele sobreviveu, sofrendo graves danos ao corpo inteiro. Depois, ele reuniu um grupo dos melhores lutadores do Japão, chamado Juppongatana (Dez Espadas), para derrubar o governo Meiji. Shishio imaginou um Japão governado por ele, reforçando os princípios da seleção natural, ou o que ele chamou de "os fortes comem os fracos". Usando essa crença, ele fez uma campanha contra o governo Meiji, por achar que era muito fraco para efetivamente liderar o país. Usando seu lema, ele moldou um discípulo ideológico de Seta Sōjirō, que serviu como seu braço direito e o mais forte dos Juppongatana. Ele planejava fortalecer a economia com o petróleo depois de dominar o país.