Miyori é uma menina de 11 anos de idade, que tem o coração fechado enquanto cresce sob a discórdia de seus pais. Devido à saída da mãe, ela é forçada a ficar na casa dos avós em uma vila rural por um tempo. Embora seu pai pense que será melhor para ela ficar no ambiente natural do que em sua casa urbana, Miyori se torna ainda mais obstinada, pensando que ela foi abandonada. Um dia, Miyori entra na floresta próxima e experimenta fenômenos misteriosos ao encontrar os espíritos da floresta. Os espíritos dizem que ela foi escolhida para se tornar a guardiã da floresta da vila. Embora não confiante no começo, Miyori gradualmente abre sua mente e cresce e se torna uma garota forte e responsável. Ela aprende a se dar bem com seus colegas de escola e com os espíritos para lutar contra pessoas que planejam destruir a floresta, construindo uma represa.