Por milhões de anos, o Mestre Megatron (simplesmente Megatron no dub) liderou legiões fanáticas dos Destrons do mal (Decepticons) em sua guerra pela conquista do Universo. Uma arma viva com dezenas de modificações autoinfligidas, feitas em nome de maior poder e capacidade destrutiva, sua única fraqueza é um desejo obstinado pela escravização do Universo. Seu intelecto, ego e talento para enganar são inigualáveis, e ele governa seu exército Destron com uma combinação de medo e força de personalidade com punho de ferro. Ele está determinado a vencer o Galaxy Convoy (Optimus Prime) e os Cybertrons (Autobots) e encontrar as Forças do Planeta perdidas (Cyber Planet Keys).