Yui é mãe de Shinji Ikari e esposa de Gendo Ikari, era uma brilhante bioengenharia que trabalhou para o Projeto E em Gehirn. Além disso, ela é filha de um membro proeminente de Seele. Yui Ikari é uma das presenças mais poderosas da série; Yui mostra-se gentil, otimista e maternal. Sua fé na humanidade e a crença de que vale a pena preservar e lembrar se destacam quando comparadas aos personagens mais cínicos do resto do elenco. Yui se envolveu romanticamente com um homem misterioso, vários anos mais velho que ela, chamado Gendo Rokubungi, que era constantemente a fonte de rumores obscuros entre eles de que Gendo havia abordado Yui apenas por seu talento e sua afiliação a Seele. Independentemente disso, nas próprias palavras de Yuis, ele era "uma pessoa muito doce. É que ninguém sabe disso".
Yui começou a trabalhar no Laboratório de Evolução Artificial em Hakone, Japão, que era realmente uma fachada para a organização secreta de pesquisa S
A alma de Yuis permaneceu dentro da Eva-01 durante toda a série, com seu filho Shinji pilotando-a para derrotar os Anjos. Apesar do extenso sistema de
Ela morreu em 2004 como resultado da sua Experimento de Contacto com a Eva-01, mas o seu espírito vive dentro da Eva como prova eterna da existência d
Yui revela a Gendo que ela acredita que qualquer um pode encontrar o Céu; eles devem ter a vontade de sobreviver e eles alcançarão a felicidade.