Hazuki Kagimura é uma garota socialmente estranha, sem amigos; e tendo sido adotada recentemente, ela também luta para se conectar com sua nova família. Seu único refúgio dessa dolorosa realidade está entre as páginas de histórias em que sua imaginação vívida lhe permite viver seus sonhos de amizade e aventura. No entanto, um dia, um texto antigo e misterioso aparece em sua mochila. No caminho de volta à biblioteca para devolvê-lo, Hazuki 'vê uma garota familiar que é aparentemente invisível para todos, menos para ela. Decidindo segui-la, Hazuki é liderada por uma biblioteca oculta, onde um mundo que ela pensava existir apenas em seus sonhos a espera. Märchen Mädchen conta a história do encontro de Hazuki com Shizuka Tsuchimikado, sua primeira amiga, e descobrindo que ela foi escolhida pela gravura original de Cinderela para se tornar um poderoso mago conhecido como Mestre de Origem. Hazuki se matricula na Kuzunoha Girls Magic Academy, onde ela aprende a conquistar seus medos e acredita em sua capacidade de criar sua própria história incrível.