Quando as duas garotas se encontram, a mágica começa. Hazuki Kagimura adora histórias, uma garota ortodoxa que é excessivamente imaginativa. Como o relacionamento dela com a nova família não vai bem, o ambiente a envia para as histórias em que ela passa os dias. Um dia depois da escola, Hazuki se perde entre as estantes da biblioteca, levando-a a uma escola misteriosa onde encontra Shizuka Tsuchimikado. É uma escola de magia onde as meninas (chamadas "mädchen") são selecionadas pelos textos mágicos dos quais nascem as histórias do mundo. Diz-se que a própria Hazuki foi escolhida pelo livro de Cinderela. Para se tornar um verdadeiro mágico, Hazuki torna-se amigo de Shizuka e inicia sua nova vida na escola.
A história de Märchen Mädchen é baseada em planos originais elaborados pelo autor Tomohiro Matsu antes de sua morte em 2016.