Nas férias de verão, o Ruka conhece dois meninos, "Umi" e "Sora,", cuja educação contém segredos estranhos e maravilhosos. Atraídos pela sua bela natação, quase como voar, o Ruka e os adultos que os conhecem estão entrelaçados em uma malha complexa ... Enquanto isso, uma anomalia inexplicável está ocorrendo em todo o mundo: os peixes estão desaparecendo. Assim começa uma aventura marinha de meninos e meninas para cativar todos os sentidos!
Kaijuu no Kodomo foi publicado em inglês como Children of the Sea pela VIZ Media, sob a marca SigIkki, de 21 de julho de 2009 a 18 de junho de 2013.