Daigo Kagemitsu, que trabalha para um general samurai no período dos Reinos de Japans, promete oferecer partes do corpo de seu bebê para 48 demônios em troca de dominar completamente o país. Quando o bebê nasce, Daigo o joga no rio, esperando que ele morra. Um sábio gentil, no entanto, o encontra e o adota. O sábio adapta seu pobre filho com próteses. O tempo passa e o bebê cresce e se transforma em um menino que se chama Hyakkimaru. Toda vez que Hyakkimaru elimina um demônio, ele recupera uma de suas partes do corpo. Hyakkimaru resgata um menino ladrão chamado Dororo de um bando de homens que o menino tentou roubar. Juntos, eles viajam pelo interior em busca dos demônios que possuem as partes de Hyakkimaru. Ao longo de suas viagens, eles enfrentam uma série de monstros e fantasmas. (Fonte: Vertical Inc.)
Dororo to Hyakkimaru Den is a remake of Tezuka Osamu's Dororo 'series.