Em um futuro não muito distante de 2032, a fronteira que divide humanos e máquinas foi atravessada. Crimes cometidos por ciborgues de carne e metal são investigados pela Seção 9, um esquadrão antiterrorista de elite dirigido pelo Chefe Aramaki e seu assistente ciborgue, major Motoko Kusanagi. A Seção 9 enfrentou inúmeros adversários no mundo real e no ciberespaço, mas nenhum como O Despertar. Acredita-se que este grupo letal de terroristas pode tomar conta das mentes e corpos de quase qualquer um. Usadas como ferramentas para cometer crimes contra o Estado, as vítimas não sabem quem ou o que as está controlando. Quando o Major Kusanagi captura uma das vítimas, ela invade seu cérebro cibernético para aprender a identidade dos líderes- o que ela descobre a leva a uma jornada profunda no coração do ciberespaço, uma jornada que a abala até o centro. (Fonte: Dark Horse Comics) EditarBacksem
Koukaku Kidoutai: Stand Alone Complex foi publicado como Ghost in the Shell: Stand Alone Complex by Dark Horse de 24 de maio de 2006 a 2 de janeiro de 2007.