Um spin-off da Persona 4, um ano após o final da Persona 4, é solicitado a Naoto para investigar os misteriosos desaparecimentos de dois estudantes de Yagakoro por um velho detetive amigo, Touko Aoi. Lá, faz parceria com Sousei Kurogami, um detetive mecânico e um oposto polar a ela em termos de personalidade e metodologia. No primeiro encontro, ela acorda com uma nova persona Amatsu Mikaboshi, que lhe permite ampliar a capacidade de persona de Sousei, Tsukuyomi. Juntamente com Sousei, ela descobre o Midnight Site, um site anônimo onde cinco juízes recebem nomes de outras figuras da mitologia japonesa - Uzume, Sarutahiko, Omoikane, Tajikarao e Futotama. outro sob a supervisão de Toukos está relacionado quando um dos cinco juízes aparece morto com balística apontando para uma arma de policial desaparecida. Naoto e os outros devem descobrir a identidade dos outros juízes para protegê-los e descobrir o culpado que procura matá-los.