Um spin-off da Persona 4, um ano após o final da Persona 4, é solicitado a Naoto para investigar os misteriosos desaparecimentos de dois estudantes de Yagakoro por um velho detetive amigo, Touko Aoi. Lá, faz parceria com Sousei Kurogami, um detetive mecânico e um oposto polar a ela em termos de personalidade e metodologia. No primeiro encontro, ela acorda com uma nova persona Amatsu Mikaboshi, que lhe permite ampliar a capacidade de persona de Sousei, Tsukuyomi. Juntamente com Sousei, ela descobre o Midnight Site, um site anônimo onde cinco juízes recebem nomes de outras figuras da mitologia japonesa - Uzume, Sarutahiko, Omoikane, Tajikarao e Futotama. outro sob a supervisão de Toukos está relacionado quando um dos cinco juízes aparece morto com balística apontando para uma arma de policial desaparecida. Naoto e os outros devem descobrir a identidade dos outros juízes para protegê-los e descobrir o culpado que procura matá-los.
Originalmente conhecido como "Genesis", um protótipo Anti Shadow Weapon desenvolvido pelo Kirijo Group durante os experimentos Shadow em 1999, Sousei agora serve como detetive mecanizado na cidade de ...
Um jovem refinado e sério, com linguagem corporal formal e gestos. Naoto é um jovem detetive no caso de Inabas Murders....
Uma garota de aparência alegre, com cabelos ruivos amarrados em duas tranças. Ela era um dos ídolos mais populares do Japão, mas de repente largou o emprego e se transferiu para a Yasogami High School...