Motoko Kusanagi é a mulher misteriosa e até enigmática que lidera um grupo de SpecOps há anos e foi recrutada por Aramaki para trabalhar na Seção 9. Quase nada se sabe sobre ela, suas origens, data de nascimento etc. Ela não podia ter mais de 60 ou mais, uma vez que o amplo uso da ciborização total não estava em uso até então. Ela foi totalmente cibernética desde muito jovem e, quando "cresceu", passou por uma série de corpos artificiais. Isso, mais do que tudo, provavelmente contribuiu para sua grande facilidade no controle de corpos ciborgues de vários tipos, até múltiplos ao mesmo tempo. Mais misteriosa é sua incrível habilidade como hacker, pois ela está igualmente à vontade em um corpo de ciborgue, pois fica sem um enquanto mergulha na rede; ela também está oficialmente registrada como um Super Wizard Class Hacker. Sua vida romântica não envolve oficialmente ninguém na série Complexo Independente; no entanto, no mangá original, ela é bissexual e namora o líder da Seção 1 por algum tempo.
No universo do SAC é mostrado em que Hideo Kuze é a primeira pessoa que ela sempre amou, e sua relação com Batou parece ser uma de uma confiança platônica próxima.